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首页 >> 技术资料 >>最新推荐 >> 做荧光定量PCR实验时, RQ值的计算方法?
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做荧光定量PCR实验时, RQ值的计算方法?


什么是RQ值



RQ值(Relative Quantification),

即相对定量值,是在处理荧光定量PCR结果时对于某基因的相对表达量的简称。有时也会写为Fold Change,即倍数变化,含义是类似的。


在做荧光定量结果处理的时候,相信大家都知道“∆∆Ct”这个有点拗口的说法。一般来讲,这个说法基本都是这样的:

图片

RQ = 2^(-∆∆Ct)

∆Ct = 未处理过的样品的目的基因Ct值 - 未处理过的样品的内参基因Ct值         

∆∆Ct (处理1)= (处理1的样品的目的基因Ct值 - 处理1的样品的内参基因Ct值)-(3个∆Ct的平均值)

∆∆Ct (处理2)= (处理2的样品的目的基因Ct值 - 处理2的样品的内参基因Ct值)-(3个∆Ct的平均值)

……


看起来有点晕,是吧?当然你擅长数学的话,应该没问题。但我们是学生物的……

没关系,这里我们给大家提供一个简明易懂的表述方式!


算法1

对于指定某个目的基因在第N天的表达量是第0天的多少倍(默认第0天的表达量为1,无单位),计算方法如下:

1.jpg

其中,Ef即为扩增效率(Efficiency)。在相对定量PCR中,理想的目的基因与内参基因的扩增效率是一致的。所以上下两个Ef是相等的,可以约掉,不必考虑。


算法2

对于在同一个时间点,检测基因B的表达量是基因A的多少倍,计算方法如下:

2.jpg

其中,公式中每个CT值都是3个孔的平均值。具体每孔的Ct值可在PCR数据结果中找到。一般在计算过程中先将3孔的CT值平均后再代入公式进行计算也是可以。


其他情况,如“同一基因在不同组织中的相对表达量情况”“同一基因在同一组织中经不同处理方法后的相对表达量情况”等等,逻辑上其实都是一样的,所以算法也是类似的。


注意这种算法,一般都要求除了内参基因外,在你的几组样品中要指定某中某一组做为对照组,才能进行计算。所以用这种算法算出来的对照组的RQ一定是等于1的。如果你在后期分析时想要更改对照组,那么在处理数据时就也要做相应的修改。


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