挖掘肠道病毒群的宝库

一项新的研究将许多以前没有特征的病毒基因组和基因添加到不断增加的全球人类肠道病毒库中。这项研究发表在美国微生物学会的开放获取杂志《mSystems》上，将被证明有助于调查肠道病毒在人类健康和疾病中的作用。

“人类肠道病毒群的研究还远远不够，许多新病毒有待发现，其中一些病毒可能对影响人类健康和疾病的过程产生重要影响，”该研究的首席研究员、比利时鲁汶大学瑞加研究所临床与流行病学病毒学部微生物学、免疫学与移植学系教授Jelle Matthijnssens博士说。

Matthijnssens博士说:“在MicrobLiver项目的框架下，我们的目标是生成一个病毒基因组目录，可以用于对早期酒精性和非酒精性脂肪肝患者的几个队列的后续研究。”

在这项新的研究中，研究人员使用了来自204名丹麦受试者的254份粪便样本，以生成丹麦肠道病毒目录(DEVoC)。该儿科队列包括50名儿童和青少年(6-18岁)，体重指数(BMI)高于90百分位，以及50名年龄和性别匹配的健康对照。成人队列(34-76岁)包括52例酒精相关肝病患者和52例性别、BMI和年龄匹配的健康对照组。

研究人员使用新型病毒体富集技术(NetoVIR)协议从粪便样本中纯化所有病毒颗粒，并使用深度测序技术对其基因组进行测序。(NetoVir使研究人员能够获得一种快速、可重复、高通量的样品制备方案，用于下一代测序肠道病毒组学研究。)

此外，他们使用先进的生物信息学工具鉴定了近1.3万个(部分)病毒基因组，其中许多是新的，没有在公共数据库中存在。

尽管已知肠道病毒是非常个别的，但研究人员确定了至少10名健康受试者的39个基因组。这39个基因组进一步与来自世界各地的公共病毒群数据集进行了比较，显示了几个年龄、地理和疾病相关的流行模式。特别是，2个基因组在世界范围内表现出非常高的流行率。第一个是crAss样噬菌体(20.6%的患病率)，属于初步确定的AlphacrAssvirinae亚家族，而第二个是以前未描述的温和噬菌体感染拟杆菌(Bacteroides dorei)(14.4%的患病率)，称为LoVEphage。接下来，研究人员筛选了公共数据库，并能够检索到另外18个环状的类LoVEphage基因组(67.9到72.4 kb)。

“我们的发现进一步强调，人类肠道病毒群仍有待研究，许多新的病毒有待发现。特别是对全球人类共有的新型噬菌体的识别，值得进行更深入的研究。接下来，该目录将用于进一步研究早期酒精性脂肪肝和非酒精性脂肪肝不同队列患者的病毒群差异。我们希望这些研究将为我们提供关于肠道病毒在酒精性和非酒精性脂肪肝发病中可能发挥的作用的基本见解。此外，我们将研究病毒群，以确定疾病进展的生物标志物或预测治疗成功。

https://www.sdu.dk/en/flash/projects/microbliver