Nature Methods：新方法揭示基因的更高阶相互作用

随着细胞的发育，基因相互作用方式的变化决定了细胞的命运。这些遗传相互作用的差异可以让我们的细胞抵御病毒的感染，也可以让我们的免疫细胞杀死癌细胞。

了解这些基因关联如何在人体组织和器官的发育过程中发挥作用，对开发复杂疾病的治疗方案是至关重要的，包括癌症、发育障碍及心脏病。

近日，一种有关单细胞RNA测序的新技术在《Nature Methods》杂志上发表。它让人们能够以前所未有的分辨率去研究人类和哺乳动物细胞中基因的行为，并有望加速基础研究和医学探索。

悉尼大学、剑桥大学及上海交通大学等机构的研究人员合作，开发出单细胞测序的一种分析方法，能够检测人体组织中基因行为的广泛变化。这种方法被称为单细胞高阶检测（single-cell higher-order testing，scHOT）。

scHOT提供了一种灵活且可靠的框架，可利用单细胞数据来鉴定基因之间的高阶相互作用。它可应用于连续轨迹或不同空间的细胞，与各种高阶测定兼容。研究人员利用scHOT来研究小鼠肝脏发育过程中高阶相互作用的变化，证明了这种方法的有效性。

在悉尼大学Jean Yang教授的带领下，研究小组还分析了小鼠嗅球的空间分辨转录组数据，这是了解神经发育疾病的重要组织。scHOT发现了整个空间中基因之间关联的细微变化。

小鼠嗅球中的两个基因Arrb1和Mtor在空间上关联

这些结果说明了scHOT是一种强大的新工具，它将揭示细胞中隐藏的基因关联，同时促进人们充分利用尖端的单细胞技术，以实现重要的生物学发现。

“scHOT增加了一阶差异表达检测，为利用单细胞数据拷问更高阶的相互作用提供了框架，”作者在文中写道。

原文检索

Ghazanfar, S., Lin, Y., Su, X. et al. Investigating higher-order interactions in single-cell data with scHOT. Nat Methods (2020). https://doi.org/10.1038/s41592-020-0885-x