Oncotarget：全基因组DNA甲基化图谱揭示癌细胞变化

Oncotarget杂志上发表的“Genome wide DNA methylation landscape reveals glioblastoma's influence on epigenetic changes in tumor infiltrating CD4+ T cells”报告称，GBM患者肿瘤浸润性和血液CD4+ T细胞的全基因组亚硫酸氢盐测序显示有13571个差异甲基化区域和明显的甲基化模式肿瘤浸润CD4 t细胞的甲基化具有显著的患者间变异性。

与血液相比，甲基化的改变也导致了CD4肿瘤浸润t细胞中341个差异表达基因的转录组变化。

对参与CD4分化和功能的特定基因进行分析，发现肿瘤CD4 t细胞中TBX21、GATA3、RORC、FOXP3、IL10和IFNG存在差异甲基化状态。

有趣的是，作者观察到GBM组织中与肿瘤浸润CD4 T细胞的T细胞受体相对应的T细胞功能基因的几个配体调控异常。

这些Oncotarget结果表明，GBM可能通过调控肿瘤浸润CD4 t细胞的分化和功能来影响抗肿瘤免疫应答，从而诱导肿瘤浸润CD4 t细胞的表观遗传学改变。

这些Oncotarget结果表明GBM可能诱导肿瘤浸润CD4 t细胞的表观遗传学改变

威斯康星大学麦迪逊分校和印第安纳大学医学院的Mahua Dey博士说:“Na?ve CD4+辅助T细胞群以其多功能性和高度可塑性而闻名。”

在肿瘤微环境中，CD4 T细胞的谱系行为反映了肿瘤浸润na?ve T细胞中新的基因表达程序的启动。

众所周知，GBM肿瘤微环境具有极强的免疫抑制作用，具有多种独特的特性，包括:

1. 细胞免疫功能受损，不缺乏肿瘤浸润T细胞

2. 居民和循环小胶质细胞分泌高水平的TGFβ

3. 几种抑制配体的表达，诱导TME中细胞毒性淋巴细胞能量不足和凋亡，免疫检查点的表达，并增加免疫抑制细胞的浸润。

全基因组甲基化测序显示，与血液相比，GBM患者肿瘤的CD4 T细胞中有13571个独特的差异甲基化区域，大部分集中在TSS周围。

此外，结合RNAseq分析的转录组数据和DNA甲基化，我们观察到GBM肿瘤中CD4 T细胞(包括Th1、Th2、Th17和iTregs)特异性基因集的差异甲基化，尽管患者间存在显著的差异性。

总之，这个数据是第一次，独特的DNA甲基化模式和报告基因表达谱相比,“绿带运动”相关的肿瘤浸润CD4 T细胞CD4 T细胞从血液中相同的病人和他们的一些配体GBM细胞表明CD4 T细胞功能和分化可能受到GBM时间通过表观遗传机制等,DNA甲基化。

Dey研究团队在其Oncotarget研究成果中总结道:“在目前的临床相关报告中，我们证明了与GBM患者循环血液CD4+ T细胞相比，差异DNA甲基化模式可能影响肿瘤浸润CD4+ T细胞的基因表达。我们的研究结果提供了证据，表明GBM可能通过表观遗传修饰，以关键免疫功能调节基因的DNA甲基化的形式影响肿瘤浸润CD4+ T细胞的状态，并影响GBM TME中辅助T细胞的命运。根据我们的观察，我们认为GBM和肿瘤浸润性CD4+ T细胞之间的表观遗传相互作用可能是GBM患者的免疫抑制状态的原因。我们的数据令人信服地表明，在GBM肿瘤配体中，各种t细胞调节配体的表达存在显著的患者间差异性，因此在肿瘤浸润性CD4+ t细胞中，甲基化模式和基因表达存在显著差异。这对于根据肿瘤免疫特征选择对免疫治疗有更好反应可能性的未来患者进行免疫治疗试验具有非常重要的意义。我们的相关研究结果还需要在实验环境中进一步验证。”

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DOI——https://doi.org/10.18632/oncotarget.27955