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人类肺组织维持针对广谱病原体的组织驻留记忆T细胞

肺组织驻留记忆T(TRM)细胞对前线免疫至关重要,但在小鼠肺中会发生快速耗竭。这种模式是否适用于人类一直未知。研究人员通过对人类肺T细胞进行综合解析,表征了针对广谱病原体的肺TRM细胞的丰度与特性。采用以T细胞受体(TCR)为引导的策略,将单细胞转录组学与配对的TCR repertoire分析相整合,研究人员在40名个体中绘制了超过87,000个肺T细胞的病原体特异性图谱,其中大多数个体携带针对多种病原体的TRM细胞。研究人员确认大量肺TRM克隆在肺中持续存在数月到数年。因此,与小鼠不同,人类肺保留稳定且多样的病原体特异性TRM细胞库,提示增强这些应答的策略可为严重肺部感染提供持久保护。
研究背景与立项依据:肺部持续暴露于空气传播病原体,下呼吸道感染每年导致全球超200万人死亡。在小鼠模型中,肺组织驻留记忆T(TRM)细胞虽在再感染与异亚型保护中起关键作用,但会被快速耗竭,肺引流淋巴结(LLN)被认为通过逆行迁移补充肺TRM。既往人类研究受限于小队列、低细胞得率与窄病原体覆盖,且肽段巨池(MP)刺激联合胞内因子染色易因旁观者激活高估频率,故“人类肺TRM是否如小鼠般短寿”这一范式长期未决,直接制约呼吸道疫苗设计。该研究发表于《Nature Immunology》,旨在以高分辨率大规模手段界定人类肺TRM的真实寿命、克隆结构与病原体谱。
主要技术方法:研究人员构建40例早期肺癌手术患者的配对肺实质与LLN队列(中位年龄73岁,无近期感染),加6例纵向二次手术队列(间隔7–304周),及61例健康人外周血单个核细胞(PBMC)资源队列;对约60万肺与33万LLN T细胞做10x Genomics单细胞转录组与全长配对α/β TCR测序;以供者匹配PBMC肽段MP增殖分选建CD4+/CD8+病原体特异性TCR目录,融合公开数据库与新增4.5万CD4+ TCR资源,用参考匹配、供者匹配与TCR非偏聚类模型(UCM)三策略整合推断肺TCR病原体特异性;并以Jurkat NFAT-GFP报告系验证。
研究结果(保留原文小标题):
人类肺容纳寡克隆记忆T细胞池:肺T细胞/TCR克隆型比显著高于LLN,前10%克隆型占CD4+ 51%、CD8+ 70%;高Gini指数与低Morisita–Horn相似度表明肺为高度扩增、低多样、寡克隆记忆池,且高扩增克隆(≥10细胞)多数不在LLN出现,不支持LLN为主要储备库。
人类肺中TRM的选择性克隆扩增:转录分群示TRM为肺主导亚群,其克隆扩增程度与Gini高于TCM;TRM偏向克隆约半数不共享于循环亚群;肺TRM与LLN TRM共享有限,LLN TRM小众且非肺TRM主源。
TCR引导的肺T细胞病原体特异性归属:整合三源TCR目录后,约11% CD4+与15% CD8+肺T细胞获病原体标注,覆盖SARS-CoV-2、IAV、副流感、RSV、MPV、CMV、EBV、百日咳鲍特菌(含无细胞疫苗与non-aP表位)及曲霉;Jurkat验证13+18条TCR剂量依赖性激活。
病原体特异性CD4+ TRM在human肺中普遍:五类呼吸道病毒与疱疹病毒特异性CD4+ TRM在多数供者存在(中位~0.7%–0.9%),无年龄/性别/吸烟/接种显著关联,其丰度与总CD4+ TRM比例强相关;CMV偏好驱动CD4+ CTL(GZMK+除外效应表型);PCA示供者内在因素而非病原体决定转录聚类,TNF/IFNγ组成型表达无病原体差异;多人同时携多病毒特异性TRM,证伪“仅近期感染才有TRM”。
具增强组织驻留特征的CD8+ TRM:病毒特异性CD8+ TRM同样普遍;细分出HLA-DRhi亚群,富集BATF、RBPJ(CSL)、IFNG、ITGAE(CD103)、FABP5及Notch信号,组织驻留特征强化;该亚群频率无病原体偏好,仅SARS-CoV-2特异性随龄微增。
人类肺TRM的持久性:纵向样本中≥50% TRM克隆跨时点共享,高扩增克隆(≥10)共享更高,一例>5年供者仍存>50%基线高扩增TRM克隆;TRM偏向克隆不与外周血共享,提示肺内自主维持;持久克隆相对丰度跨时显著相关,且TCR下游基因(TNFRSF9、ENTPD1)不升高,排除持续抗原驱动;病原体特异性TRM克隆同样跨月年至数年留存。
讨论与结论翻译浓缩:研究人员指出人类肺是病原体特异性TRM的长期储库,克隆扩增程度远超LLN,多病毒特异性TRM在无近期感染时仍存,纵向证实数月到数年持久。不同于小鼠“肺TRM消退、LLN补给”范式,人类支气管/细支气管分隔数(>21 vs ~13)提供更多非气体交换驻留表面积,且自然微生物暴露(类比“脏鼠”实验)可能促成种间差异。需注意既往人类研究混淆循环非TRM亚群、将CMV/EBV持久感染克隆误读为急性呼吸道感染遗存、单表位四聚体低估多样性。结论:人类肺稳定保留广谱病原体特异性TRM,增强此类应答可予严重肺部感染持久保护,TCR归属框架可推广至全身组织驻留免疫制图。


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